Mục tiêu tổng quát của Chương trình nhằm thúc đẩy hợp tác phát triển và kết nối hạ tầng thương mại biên giới với các nước có chung đường biên giới nhằm khai thác tiềm năng, lợi thế của địa phương hai bên biên giới. Thu hút các nhà đầu tư, khuyến khích xã hội hóa đầu tư xây dựng và phát triển hạ tầng thương mại biên giới; tạo điều kiện thuận lợi cho các tỉnh biên giới của Việt Nam xây dựng chương trình, kế hoạch hợp tác phát triển hạ tầng thương mại biên giới với các tỉnh có chung đường biên giới. Từng bước phát triển hạ tầng thương mại biên giới của các địa phương biên giới Việt Nam tương xứng với hệ thống hạ tầng thương mại biên giới của địa phương nước có chung đường biên giới; tăng cường mối quan hệ hợp tác chặt chẽ trong lĩnh vực kinh tế - thương mại, văn hóa - xã hội của các địa phương biên giới, góp phần nâng cao đời sống cư dân khu vực biên giới; đảm bảo quốc phòng - an ninh, trật tự an toàn xã hội khu vực biên giới.
Chương trình đề ra 9 nội dung cụ thể để phát triển hạ tầng thương mại biên giới Việt Nam, trước hết là hoàn thiện cơ chế, chính sách phát triển hạ tầng thương mại biên giới. Trong đó, đề xuất cơ chế, chính sách ưu đãi phát triển các loại hình hạ tầng thương mại biên giới; ưu đãi về thu hút nguồn vốn đầu tư, xã hội hóa đầu tư phát triển hạ tầng thương mại biên giới; các loại phí, lệ phí; phương thức thanh toán...; ưu đãi đối với các thương nhân tham gia hoạt động kinh doanh trong các loại hình hạ tầng thương mại biên giới.
Tổ chức rà soát, nghiên cứu và đề xuất các nội dung phù hợp tại các quy hoạch liên quan đến hạ tầng thương mại biên giới thuộc Nghị quyết 110/NQ-CP ngày 01/12/2019 của Chính phủ để tích hợp vào quy hoạch cấp quốc gia, quy hoạch vùng, quy hoạch tỉnh theo quy định.
Thu hút, huy động nguồn lực phát triển hạ tầng thương mại biên giới. Ưu tiên, bố trí nguồn kinh phí ngân sách nhà nước để xây dựng mới, cải tạo, nâng cấp một số loại hình hạ tầng thương mại biên giới có vai trò quan trọng trong phát triển giao thương tại khu vực biên giới. Đồng thời khuyến khích, hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện xã hội hóa trong đầu tư xây dựng hạ tầng thương mại biên giới, góp phần huy động và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực ngoài ngân sách, nguồn lực xã hội cho đầu tư phát triển hạ tầng thương mại biên giới. Vận động các đối tác phát triển quốc tế tham gia hỗ trợ kinh phí xây dựng hạ tầng thương mại biên giới theo quy định hiện hành.
Kết nối hạ tầng thương mại biên giới với các nước có chung đường biên giới và các nước trong khu vực thông qua việc thúc đẩy trao đổi, tiến tới sớm ký kết Thỏa thuận cấp Chính phủ về kết nối và phát triển hạ tầng thương mại biên giới với các nước có chung đường biên giới. Tổ chức các chương trình xúc tiến thương mại hàng hóa thông qua chợ biên giới, siêu thị, trung tâm thương mại, trung tâm mua sắm, trung tâm hội chợ, triển lãm, bao gồm: Tổ chức hội chợ, triển lãm, kết nối thương nhân, quảng cáo, tư vấn, đại lý và các dịch vụ khác nhằm thúc đẩy hoạt động trao đổi, lưu thông hàng hóa với các nước có chung đường biên giới và các nước trong khu vực. Bên cạnh đó, cần phát triển các dịch vụ hỗ trợ cho hoạt động trao đổi, lưu thông hàng hóa tại chợ biên giới, siêu thị, trung tâm thương mại, trung tâm mua sắm, trung tâm logistics, kho hàng hóa, trung tâm hội chợ, triển lãm, ...
Những nhiệm vụ quan trọng khác là phát triển đội ngũ thương nhân tham gia hoạt động kinh doanh trong các loại hình hạ tầng thương mại biên giới; nâng cao chất lượng nguồn nhân lực làm công tác phát triển và quản lý hạ tầng thương mại biên giới; tuyên truyền, quảng bá về phát triển hạ tầng thương mại biên giới; xây dựng cơ sở dữ liệu về phát triển hạ tầng thương mại biên giới phục vụ công tác quản lý của các cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp.
Bên cạnh việc cụ thể hóa các nội dung cần thực hiện để phát triển hạ tầng thương mại biên giới Việt Nam, Thủ tướng Chính phủ cũng quy định rõ trách nhiệm của các Bộ, ngành liên quan như Bộ Công thương, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Quốc phòng…  và trách nhiệm của Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới. 
Quyết định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 25/2/2021.