Đây là quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước, hoạt động theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ, có tư cách pháp nhân, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật. Quỹ do Bộ Tài chính quản lý, có chức năng quản lý, điều phối các nguồn lực tài chính, hiện vật của Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19.

Nguyên tắc hoạt động của Quỹ được quy định như sau: Kinh phí hoạt động của bộ máy quản lý Quỹ do ngân sách nhà nước chi trả, không sử dụng từ nguồn thu của Quỹ;. Quỹ hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, sử dụng vốn đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật, đảm bảo công khai, minh bạch, tiết kiệm, hiệu quả. Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính của các cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán nhà nước cạnh sự giám sát của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cộng đồng.

Nhiệm vụ chính của Quỹ là tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện bằng tiền, vắc-xin của các tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước và các nguồn vốn hợp pháp khác để hỗ trợ, tài trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19. Phối hợp với Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các cơ quan, tổ chức liên quan trong việc vận động quyên góp, tài trợ cho Quỹ để hỗ trợ, tài trợ hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 theo quy định.

Bộ Y tế  sẽ chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổng hợp nhu cầu mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chi từ Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 theo quy định. Sau đó, Bộ Tài chính xuất Quỹ để chi theo nội dung Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và căn cứ hồ sơ đề nghị của Bộ Y tế.

Quỹ sẽ thực hiện chế độ báo cáo kế toán, quyết toán công khai, minh bạch theo quy định của Luật Kế toán và hướng dẫn của Bộ Tài chính. Đồng thời có trách nhiệm báo cáo tình hình thực hiện thu, chi, quyết toán tài chính để tổng hợp chung nguồn lực báo cáo Chính phủ, Quốc hội; thực hiện công khai số tiền huy động, danh sách các tổ chức, cá nhân tài trợ, đóng góp, nội dung và số tiền đã chi, số dư quỹ còn lại (nếu có).

Sau khi cơ quan có thẩm quyền công bố hoàn thành việc tiêm vắc-xin phòng dịch Covid-19 cho người dân, Quỹ tự chấm dứt hoạt động và giải thể, số dư Quỹ (nếu có) được nộp toàn bộ vào ngân sách trung ương để bổ sung nguồn lực mua vắc-xin cho Chương trình tiêm chủng mở rộng của Nhà nước.