Khoản 1 Điều 27 Bộ luật hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) quy định: “Thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự là thời hạn do Bộ luật này quy định mà khi hết thời hạn đó thì người phạm tội không bị truy cứu trách nhiệm hình sự”. Do thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự áp dụng đối với người phạm tội nên sau khi có quyết định khởi tố bị can, vụ án đang trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử thì xác định là đang trong quá trình hoạt động tố tụng đối với vụ án và không được tính vào thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự (bao gồm cả trường hợp vụ án bị hủy đi hủy lại nhiều lần để xét xử lại hoặc để điều tra lại hoặc trả hồ sơ để điều tra bổ sung nhiều lần...).
Tuy nhiên, sau khi khởi tố bị can, nếu người phạm tội thuộc một trong hai trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 27 Bộ luật hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017): (1) Người phạm tội lại thực hiện hành vi phạm tội mới mà Bộ luật này quy định mức cao nhất của khung hình phạt đối với tội ấy trên 01 năm tù; (2) Người phạm tội cố tình trốn tránh và đã có quyết định truy nã thì thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự sẽ được tính lại kể từ ngày người đó thực hiện hành vi phạm tội mới hoặc kể từ khi người đó ra đầu thú hoặc bị bắt giữ.
Trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử mà vụ án bị tạm đình chỉ điều tra, tạm đình chỉ vụ án (trừ trường hợp tạm đình chỉ do không xác định được bị can đang ở đâu và đã có quyết định truy nã) thì cần phải xác định là các hoạt động tố tụng được tạm dừng; thời gian tiến hành các hoạt động nhằm khắc phục lý do tạm đình chỉ, như: Bắt buộc chữa bệnh, giám định tư pháp, tương trợ tư pháp... sẽ được tính vào thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự và nếu hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự thì Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Tòa án sẽ ra quyết định đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án (không phải ra quyết định phục hồi).